提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
立春来了春天还会远吗?全国盼春地图看哪里春风将至******
中国天气网讯 今天(2月4日),我国迎来了二十四节气中的第一个节气——立春。立春,春气始而建立也,意味着寒冬已尽、春意萌动。此时,人们对春的盼望也更加强烈了,中国天气网特别推出全国盼春地图,看看常年立春时节春天的脚步到哪儿了。同时,今年的立春有点不寻常,不仅立春连元宵,这个兔年还有两个立春节气,是个双春年,这个立春节气到底有何特别之处呢?
【全国盼春地图】立春不等于入春 春天脚步到哪了?
“东风吹散梅梢雪,一夜挽回天下春。”在诗人笔下,立春便是春天的开始,东风吹落了梅花枝头的雪,一夜之间春天来临,自此,万物复苏,春意盎然。不过,从气象意义上来说,立春并不等于入春。
从中国天气网推出的立春期间全国盼春地图来看,常年进入立春时,我国仅有云南、广东、广西、海南、台湾以及福建部分地区处于气象意义上的春季,真正享受暖意融融的春日。立春节气期间,春天的脚步继续北上,重庆西部、福建中北部以及云南东北等地会都会开启入春进程。而全国其他绝大部分地区,此时仍处在“寒意未退盼春来”的季节中。
【立春气韵】春意萌动 万物复苏
作为二十四节气中的第一个节气,立春意味着新一轮的四时更替正式开启。立春,春气始而建立也。虽然这个时节,天气依然寒冷,但寒冬已尽、春意萌动,大自然生机勃发。
立春时节最显著的特点就是万物开始有复苏的迹象。春风往往被称为东风,它们携带着又暖又湿的空气,从东南沿海地区吹向内陆,轻柔地摇醒了花草,吹绿了山川,也在人们心中播下了盎然的春意。
东风化雨逐西风,大地阳和暖气生。——《立春》·左河水我国幅员辽阔,南北跨度大,各地自然节律不一。立春期间,北方仍是冰天雪地,但南方已经水暖草绿。全国各地的气温开始大幅上升,日照和降雨也增多,万物渐次复苏。
立春后五日,春态纷婀娜。——《立春后五日》·白居易虽然我国绝大多数地区气象意义上的春天还未真正到来,但立春时节万物渐次复苏,春天的脚步已经越来越近了。
冬未放春交割,早有黄蜂紫蝶来。——《腊里立春蜂蝶辈出》·杨万里【立春物候】东风解冻 迎春报春
往往,最先感到春之气息的,是虫鸟与草木。立春第一候,东风送暖,大地开始解冻;第二候,蛰居的虫类慢慢在洞中苏醒;第三候,河里的冰开始融化,鱼儿向水面游动,如同背负着冰浮在水面。立春时节,世间万物,都做好了迎春的准备。
律回岁晚冰霜少,春到人间草木知。——《立春偶成》·张栻古人往往以花为节令信使,立春第一候花信迎春花,就因为它在百花之中开花最早,破冰雪而盛放,及时报告了春的消息。立春之后,万物复苏草木醒,大地的色彩也将斑斓起来。
从此雪消风自软,梅花合让柳条新。——《立春》·王镃【立春风俗】咬春求福 鞭春祈丰
立春是二十四节气之首,是一个轮回的开始,立春更是一个民俗节日,风俗多到难以胜数。为了迎春,我国民间在立春日这一天有“咬春”求福、“鞭春”祈丰以及踏青探春等活动。
吃春饼“咬春”的习俗在北方流传广泛,人们将面烙或蒸制成薄饼,再将豆芽、菠菜、韭黄、粉线等炒成合菜,用饼卷着合菜吃。南方立春吃春卷,春卷馅料十分丰富,有豆沙、花生、白菜肉馅及海鲜等,是用干面皮包上馅料,经煎、炸而成。吃春饼和春卷,都是为了迎接春天的到来。
春日春盘细生菜,忽忆两京梅发时。——《立春》·杜甫“鞭春”即打春牛,立春日将泥塑春牛打碎。人们通过打春牛的习俗提醒大家,春天已到,应该不违农时,及时播种谷物,祈愿一年五谷丰登,国泰民安。
泥牛鞭散六街尘,生菜挑来叶叶春。——《立春》·王镃【立春新知】一年两头春 立春连元宵
由于被安排了一个“闰二月”,农历癸卯兔年共有384天,从2023年1月22日开始,至2024年2月9日结束。农历癸卯兔年天数较多,还使得这个农历年出现了两个立春的历法现象,即“一年两头春”,也称“双春年”。两个立春日分别为正月十四和腊月二十五。
民间有“双春双喜”之说,往往认为“双春年”是吉利的。古人们认为一年内两个立春节气,风调雨顺,预示着丰收的年景。
一年打两春,黄土变成金。——农谚这个兔年不仅是“双春年”,还将在2月4日和2月5日接连迎来立春节气和正月十五元宵节,出现“立春连元宵”的有趣巧合。据了解,“立春连元宵”的情况在21世纪这100年中仅有6次,分别为:2004年、2023年、2042年、2061年、2080年和2099年。
万物之中,希望最美。有种诗意的说法是,立春就是立希望。无论眼下是寒冬还是暖春,此后都充满了希望,春意将逐渐洒满人间,万物更新、春暖花开。这便是立春的意义,也是春天的力量。(策划/张慧 设计/张莉 部分图片来源/视觉中国)(中国天气网)
(文图:赵筱尘 巫邓炎) [责编:天天中] 阅读剩余全文() |